Dalam peristiwa itu, tujuh perwira yang merupakan putera terbaik bangsa gugur sebagai kusuma bangsa. Mereka adalah, Menteri/Panglima Angkatan Darat/Kepala Staf Komando Operasi Tertinggi Jenderal TNI Achmad Yani, Deputi II Menteri/Panglima AD bidang Administrasi Letjen TNI R. Suprapto, dan Asisten I Menteri/Panglima AD Bidang Intelijen Letjen TNI S. Parman.
Selain itu, Deputi III Menteri/Panglima AD Bidang Perencanaan dan Pembinaan Letjen TNI MT Haryono, Asisten IV Menteri/Panglima AD bidang Logistik Mayjen TNI DI Panjaitan. Kemudian, Inspektur Kehakiman/Oditur Jenderal AD Mayjen TNI Sutoyo Siswomihardjo dan perwira muda Letnan Satu Corps Zeni Pierre Andreas Tendean ajudan Jenderal TNI A.H. Nasution yang berhasil lolos dalam upaya penculikan tersebut. Baca juga: Pangkostrad: Foto-Foto Peristiwa 1965 Tersimpan Baik Agar Tak Lupa Pemberontakan PKI
Jenazah ketujuh perwira yang kemudian disebut sebagai Pahlawan Revolusi ini ditemukan dalam sebuah sumur tua di kawasan Lubang Buaya, Jakarta Timur oleh Resimen Para Komando Angkatan Darat (RPKAD) saat ini bernama Kopassus di bawah pimpinan Letnan Dua Sintong Panjaitan.
”Tong, di situlah daerah latihan Pemuda Rakyat, BTI, Gerwani, dan ormas PKI lainnya. Di situ kamu periksa semua karena di tempat itulah mereka disiksa. Kalau mereka dibunuh, juga di sekitar tempat itulah adanya,” perintah Komandan Kompi Tanjung Batalion 2 RPKAD Lettu Feisal Tanjung kepada Komandan Peleton 1/A Kompi Tanjung Letnan Dua Sintong Panjaitan dalam buku biografinya “Sintong Panjaitan, Perjalanan Seorang Prajurit Para Komando”. Baca juga: Gatot Nurmantyo Tuding Kostrad Disusupi PKI, Pangkostrad: Seharusnya Klarifikasi Dulu
Sintong kemudian memerintahkan anggotanya untuk menyisir dengan teliti setiap jengkal tanah di Desa Lubang Buaya, untuk mencari keberadaan para jenderal dan perwira pertama Angkatan Darat yang hilang diculik dan dibunuh oleh pasukan Pasopati dari Tjakrabirawa atas perintah Komandan Batalion I Kawal Kehormatan Tjakrabirawa Kolonel Untung pada Kamis, 30 September malam hingga Jumat, 1 Oktober 1965.
Operasi pencarian di Desa Lubang Buaya ini dilakukan berdasarkan kesaksian Agen Polisi Tingkat II Sukitman, yang sempat diculik saat berpatroli di dekat rumah D.I. Panjaitan di Kebayoran Baru, Jakarta Selatan. Namun Sukitman berhasil kabur dan melapor ke Markas Komando RPKAD di Cijantung, Jakarta Timur.
Tidak mudah bagi RPKAD menemukan lokasi penyiksaan dan pembunuhan para jenderal mengingat lokasi Desa Lubang Buaya yang sangat luas. Beberapa kali mereka menemukan gundukan tanah yang dicurigai sebagai tempat penimbunan namun ternyata gagal. Hingga akhirnya salah seorang warga desa yang ikut dalam operasi pencarian tersebut menunjukkan sebuah tempat di bawah pohon. Tempat itu semula adalah sebuah sumur namun telah ditimbun dan disamarkan. ”Jangan-jangan para korban yang dicari diceburkan di sumur itu,” gumam Sintong.
